O zřízení Archivu Kanceláře prezidenta republiky se uvažovalo již před druhou světovou válkou. Vzrůstající potřeba vyřazování dokumentů a související nedostatek úložného prostoru ve spisovně byly na podzim 1938 dočasně vyřešeny přestěhováním některých částí registratury Kanceláře prezidenta republiky (KPR) do Archivu Pražského hradu do prozatímní úschovy. K připravovanému vydání skartačního řádu a následnému zahájení skartací již nedošlo kvůli tehdejším dramatickým událostem a německé okupaci, v jejímž důsledku byly části registratury KPR přesunuty z Archivu Pražského hradu do Starého královského paláce. Kvůli narůstajícímu tlaku na sběr papíru byla v roce 1944 část spisů se žádostmi o podporu z let 1932–1935 zničena ve skartačním řízení. Po válce byly zmíněné části registratury KPR opět převezeny do Archivu Pražského hradu, který v té době disponoval volnými úložnými prostory a díky tomu plnil i funkci správního archivu KPR.

Zárodek archivu a jeho zřejmého předchůdce lze najít v činnosti tzv. politického archivu KPR, který byl zřízen v roce 1946 prezidentem Edvardem Benešem a který svým posláním navazoval na tzv. důvěrný archiv exilové KPR v Londýně. Politický archiv KPR, pro nějž se od počátku existence běžně používal i ekvivalent „archiv Kanceláře prezidenta republiky", měl sloužit k systematickému budování archivní dokumentace a knihovního fondu k prezidentu republiky a soudobému politickému dění. Mimo jiné měl do své správy soustředit také soukromý archiv Edvarda Beneše, který byl během doby nesvobody rozdělen a roztroušen na více místech.

K zásadnímu zlomu v činnosti politického archivu začleněného do Odboru kulturního a tiskového došlo po Benešově abdikaci a úmrtí v roce 1948, což se příznačně odrazilo i ve změně jeho vedení, kde archiváře Bohuslava Matouše nahradil historik Jan Pachta. V nových podmínkách politický archiv ještě rozšířil svůj význam. Spíše než na archivní práci se kladl důraz na rychlé politické „vytěžení" nashromážděného informačního bohatství archivu, do jehož správy přešla v roce 1949 další část tajného protokolu KPR z let 1921–1944 a jiné obsahově nejdůležitější protokoly všeobecné registratury. Ty méně důležité zůstaly nadále uloženy v Archivu Pražského hradu.

Politický archiv se měl podílet také na soustavném vyřazování dokumentů KPR, které bylo po přijetí prozatímního skartačního řádu zahájeno v roce 1949, ale postupovalo velmi pomalu. Navzdory svému názvu byl politický archiv spíše badatelským pracovištěm a namísto výběru, zpracovávání a zpřístupňování archiválií se měli jeho pracovníci věnovat především historickému výzkumu o osobnosti Klementa Gottwalda a dějinách dělnického hnutí a KSČ, přičemž měli využívat i prameny uložené v jiných archivech, knihovnách i úředních registraturách. Neméně důležitou a časově náročnou součástí agendy bylo vedení textové i obrazové dokumentace o činnosti prezidenta Klementa Gottwalda a vydávání jeho souborných spisů. Z dvanácti pracovníků archivu se skutečné archivní práci věnovali pouze dva.

Během své krátké historie změnil politický archiv několikrát své sídlo. Nejprve pro něj byly upraveny prostory v Severním výběžku Nového paláce, později se archiv přestěhoval do Ústavu šlechtičen, aby nakonec nalezl své zázemí v Lobkovickém paláci, kde byla také prezentována průběžně rozšiřovaná výstavka darů prezidenta Klementa Gottwalda.

Po smrti Klementa Gottwalda v březnu 1953 měl politický archiv nejprve pokračovat v činnosti bez větších změn. Ve stávajícím personálním složení však již nestíhal plnit své rozsáhlé úkoly a nedokázal plně uspokojovat nároky na urychlené zpracovávání a využívání svých fondů. Poslání politického archivu zjevně přesahovalo náplň činnosti KPR a namísto požadovaného navýšení počtu pracovníků bylo rozhodnuto o jeho zrušení. Vydávání spisů Klementa Gottwalda a výzkumná činnost, stejně jako většina pracovníků a část inventáře, přešli do Ústavu dějin KSČ, kam byla do konce roku 1953 přestěhována i podstatná část dokumentů týkajících se prezidenta Klementa Gottwalda, včetně fotografií, novinových výstřižků a darů, a kromě nich také soukromý archiv prezidenta Edvarda Beneše, Londýnský archiv, sbírky Jaromíra Smutného a Vladimíra Klecandy a další soubory.

Archiválie zrušeného politického archivu, které zůstaly na Pražském hradě, pak daly základ Archivu Kanceláře prezidenta republiky. Ten ve smyslu archivu jako úložiště archiválií sice existoval bezprostředně po zrušení politického archivu, ale jako samostatný organizační útvar KPR vznikl z podnětu vedoucího osobního oddělení Františka Orta až v roce 1954 v souvislosti s novou systemizací KPR. V ní byla pro Archiv KPR, zařazený pod Odbor kádrový a mzdový, vyhrazena místa tří pracovníků, kteří měli plnit již víceméně čistě archivní úkoly.

Od 1. 7. 1955 byl k Archivu KPR organizačně připojen Archiv Pražského hradu, který byl do té doby začleněn do Odboru kulturního. Pro oba archivy se používalo souhrnné označení Archiv KPR, ale dominantním partnerem byl v tomto krátkém manželství bezesporu Archiv Pražského hradu, a to nejen díky většímu rozsahu svých fondů, ale i díky neskrývaným ambicím svého vedoucího Jaroslava Parkana. Z hlediska archiválií bylo mezi „historickým archivem" (Archiv Pražského hradu) a archivem KPR i nadále důsledně rozlišováno, přestože archivy používaly společné depozitáře a prostory v Novém paláci.

Rozdíly v náplni činnosti obou archivů, v povaze jejich fondů a způsobu jejich využívání byly hlavní příčinou brzkého rozdělení. Archiv Pražského hradu byl v dubnu 1957 z Archivu KPR oddělen a přešel pod Odbor vnitřní správy, později pod nově zřízený Odbor stavební a památkové správy. Archiv KPR zůstal pod Odborem kádrovým a mzdovým.

Hlavním úkolem Archivu KPR mělo být zpočátku především soustavné vyřazování dokumentů KPR. O systematické práci lze v tomto směru hovořit až od konce 50. let a začátku 60. let, která se nesla ve znamení skartací dokumentů KPR z období 1919–1939. V roce 1963 nastoupily do archivu první dvě pracovnice s vysokoškolským vzděláním v oboru archivnictví a historie, čímž výrazně stoupla jeho odborná úroveň. Stanovování pětiletých a ročních plánů činnosti archivu a důsledná snaha o jeho plnění se odrazila nejen ve významném pokroku ve zpracovávání archiválií, ale bohužel měla za následek i zničení některých dokumentů trvalé hodnoty.

Archiv KPR již v této době sídlil ve Středním křídle Nového paláce, ale jeho archivní soubory byly uloženy jinde ve třech různých depozitářích. Až v červnu 1968 byly archiválie konečně přestěhovány z depotů v Černé kuchyni a Slévárenském dvoře a soustředěny do nově upraveného depozitáře v Mladotově domě ve Vikářské ulici. Opuštění úložných prostor Archivu Pražského hradu předcházela i částečná delimitace archiválií mezi oběma archivy. V roce 1967 převzal Archiv KPR Sbírku novinových výstřižků a část Sbírky fotografií. V pozdějších letech byl stejným způsobem získán fond Lesní správy Lány, opačným směrem mířila většina registratury bývalé Hospodářské správy Pražského hradu. Ještě v 60. letech došlo i k delimitaci některých archiválií mezi Archivem KPR a Archivem Ministerstva zahraničních věcí.

Archiválie svěřené do péče Archivu KPR byly od počátku jeho existence využívány při tvorbě řady pramenných edic a zapůjčovány na výstavy týkající se dějin Československa a jeho prezidentů. Podmínky konce 60. let dovolily, aby Archiv KPR své archiválie zpřístupnil široké veřejnosti i v prvním vlastním výstavním projektu, který byl bohužel na dlouhá léta poslední. Z iniciativy tehdejších pracovnic archivu Evy Javorské a Nataši Votrubové byla k 30. výročí německé okupace uspořádána výstava „15. březen 1939", která byla prezentována od 14. 3. do 13. 4. 1969 v Zelené světnici Starého královského paláce. Expozice byla kompletně zajištěna vlastními silami a prostředky archivu a KPR a navzdory minimálním nákladům a propagaci zaznamenala velký úspěch a vzbudila mediální zájem i v zahraničí (záběry z výstavy se objevily v televizním pořadu Eurovize o německé okupaci českých zemí v roce 1939). Také díky zřejmým reminiscencím na události předchozího roku výstava sklidila velice kladný ohlas a během necelého měsíce ji navštívilo zhruba 25 000 návštěvníků.

Společenské změny pramenící z okupace Československa v srpnu 1968 se přirozeně odrazily i v činnosti Archivu KPR. Plánované uspořádání výstavy k 25. výročí osvobození Československa bylo v roce 1970 zamítnuto. Výkon badatelské agendy byl omezen a studium se povolovalo ve výjimečných případech. Zatímco v 50. a zejména 60. letech zavítalo do Archivu KPR zhruba 30 badatelů za rok, v 70. a 80. letech jejich roční počet často nepřekročil ani desítku. Nahlížení do archiválií povoloval od začátku existence Archivu KPR vedoucí nadřízeného odboru. Od roku 1976 o každém případu rozhodoval vedoucí KPR a do schvalovacího procesu byl zapojen i vedoucí Odboru kádrového a personálního a V. správa SNB. Archiválie požadované k nahlédnutí byly ještě před povolením studia předkládány vedení k prověření jejich obsahu.

Výrazný zlom ve využívání informačního bohatství Archivu KPR přišel po roce 1990. Nové společenské a státoprávní poměry přinesly kromě nárůstu badatelské agendy i další úkoly. V letech 1994–1996 a 2005–2006 proběhla delimitace archiválií mezi Českou republikou a Slovenskou republikou, během níž si zástupci Kanceláře prezidenta Slovenské republiky pořídili kopie vybraných dokumentů z fondů KPR. V roce 2006 byla dokončena náročná likvidace skladu již neudělovaných státních vyznamenání z let 1948–1992, která byla zahájena v roce 2004. Část neplatných vyznamenání byla převedena do Sbírky vyznamenání a nabídnuta jiným paměťovým institucím. Zbytek byl předán Puncovnímu úřadu.

V roce 1990 Archiv KPR znovu změnil své sídlo a přestěhoval se do Ústavu šlechtičen, kde sídlí dodnes, pomineme-li přestávku v letech 1997–2002, kdy kvůli rekonstrukci tohoto paláce našel své dočasné zázemí v Mladotově domě. V Ústavu šlechtičen archiv postupně získal kromě kanceláří a studovny také nové depozitáře, které byly zrekonstruovány v letech 2003 a 2011. Koncem roku 2011 byl v rámci rozsáhlého stěhování vyklizen po mnoho let využívaný depozitář v Mladotově domě a všechny prostory a archiválie Archivu KPR se tak poprvé v historii podařilo shromáždit pod jednou střechou.

V roce 2007 splnil podmínky pro udělení akreditace ze strany Ministerstva vnitra a zařadil se tak po bok dalších specializovaných archivů v České republice.

Viz DOLEŽAL, Jakub: 60 let Archivu Kanceláře prezidenta republiky. Archivní časopis. Roč. 65, č. 2, 2015, s. 171–178.

Vedoucí archivu:

1954–1955	Petr Turek
1955–1957	Jaroslav Parkan
1957–1963	Petr Turek
1964–1966	František Ort
1967	Jan Jakší
1967–1968	František Ort
1968–1969	Josef Špecián
1969–1971	František Valenta
1971–1977	Věra Tošenovjanová
1977–1987	Věra Vondrová
1987–1991	Věra Stará
1991–1993	Jindřiška Dušková
1993–2003	Eva Javorská
2003–2004	Filip Wittlich
2004–2007	Eva Javorská
2007–2011	Pavel Zeman
2011–2018	Jakub Doležal
2018	Michal Šula
2018–2021	Tomáš Zubec
2021–2023	Jiřina Horáková
2023–2024	Tomáš Zubec
od 3/2024	Lucie Večerníková